Γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1940 και σπούδασε Οικονομικές και Πολιτικές Επιστήμες στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο. Το 1968, διέφυγε στο Παρίσι ως μέλος της Δημοκρατικής Άμυνας, όπου και γνώρισε τη Χρύσα Ρωμανού, τον σημαντικό τεχνοκριτικό Pierre Restany που συγκέντρωνε γύρω του όλες τις πρωτοποριακές τάσεις του Παρισιού και της Ευρώπης και τον Νίκο Κεσσανλή, με τον οποίο δημιούργησε την ομάδα του Mec Art, συγκεντρώνοντας καλλιτέχνες με κοινό σημείο την εργασία με μηχανικά μέσα και όχι με τα χέρια.

Αγόρασαν ένα τεράστιο επαγγελματικό μηχάνημα παραγωγής μεταξοτυπιών, ενώ η δικτατορία στην Ελλάδα ώθησε μια σειρά από καλλιτέχνες να έρθουν σε επαφή μαζί τους για πολιτικούς λόγους. Το μηχάνημα και το ατελιέ λειτούργησε από το 1968 και μετά, στο «100, rue de l' Ouest», όπου δημιουργήθηκαν έργα, μέσα από την συνεύρεση μεγάλου μέρους Ελλήνων και ξένων αντιστασιακών διανοούμενων.

Το 1973, η Μαρία Κοτζιά επέστρεψε στη Θεσσαλονίκη, ιδρύοντας το βιβλιοπωλείο Κοτζιά, ενώ, το 1974, ίδρυσε τον εκδοτικό οίκο Εξάντας, ο οποίος αριθμεί περισσότερους από 1.000 τίτλους, περιλαμβάνοντας βιβλία ψυχολογίας, ελληνικής και ξένης πεζογραφίας, παιδικής λογοτεχνίας, λευκώματα και άλλα, εκπροσωπώντας συγγραφείς, όπως οι Βασίλης Αλεξάκης, Κώστας Ταχτσής, Ερνέστο Σάμπατο, Φερνάντο Πεσσόα, Χόρχε Σεμπρούν.

«Η επιλογή και η έκδοση κάθε βιβλίου είναι πράξη πολιτική», αυτή υπήρξε η φιλοσοφία του «Εξάντα» της Μάγδας Κοτζιά.

Σε μια συνέντευξή της στην «Ελευθεροτυπία» το 2009 είχε πει μεταξύ άλλων:

Γιατί διαλέξατε αυτό το όνομα (για τον οίκο);

«Διότι είναι συμβολικό και σημαδιακό. Το όνομα υπήρχε σε ένα λογοτεχνικό περιοδικό που έβγαινε επί δικτατορίας στη Θεσσαλονίκη. Ο Εξάντας δημιουργήθηκε το 1974, αμέσως μετά την αποκατάσταση της δημοκρατίας, με φαντασία, ρίσκο και πολλές καινοτομίες. Η βαθύτερη ανάγκη μου ήταν να μεταδώσω στον κόσμο αυτά που είχα μάθει ταξιδεύοντας και διαβάζοντας. Με ενδιέφερε η μείξη των πολιτισμών, η περιέργεια για το τι γίνεται στον κόσμο. Θέλησα να μεταδώσω το πολυπολιτισμικό στοιχείο στους Ελληνες, το άνοιγμα των οριζόντων, το κέφι για τη ζωή, τη δοκιμασία, την περιπέτεια.»

Ποια ανάγκη σάς έκανε να ασχοληθείτε με τις εκδόσεις;

«Από τότε που θυμάμαι τον εαυτό μου αγαπούσα τα βιβλία. Χανόμουν διαβάζοντας. Η ανάγκη μου να ασχοληθώ με τις εκδόσεις ξεκίνησε από το διάβασμα και ήταν η φυσική συνέχεια αυτής της κλίσης μου. Ολα τα άλλα ήρθαν μόνα τους. Επί χούντας βρέθηκα εξόριστη στο Παρίσι για έξι χρόνια. Θυμάμαι ότι πήγαινα στους Γάλλους εκδότες με πολλή άνεση και τους έλεγα ότι όταν γυρίσω στην Ελλάδα θα κάνω εκδοτικό οίκο, χωρίς να ξέρω ούτε πότε ούτε αν θα μπορούσα να επιστρέψω. Με εμπιστεύτηκαν. Εκλεινα τίτλους και πλήρωνα μεταφράσεις με τα χρήματα που μου έστελνε ο πατέρας μου.»