Το απόγευμα της 27ης Αυγούστου του 1922, ενώ ο Τουρκικός Στρατός ήλεγχει πλέον πλήρως την Σμύρνη, ένας Ιταλός καθολικός ιερέας ενημέρωσε τους Γάλλους σχετικά με τον θανάσιμο κίνδυνο που διέτρεχε ο Χρυσόστομος.

Πολύ σύντομα μια γαλλική περίπολος, αποτελούμενη από 20 ναύτες, κατέφθασε στην Μητρόπολη, την Αγία Φωτεινή, με σκοπό να φυγαδεύσει τον Χρυσόστομο.

Οι Γάλλοι (είχε προηγηθεί και ανάλογη προσπάθεια από τους Άγγλους) ζήτησαν από τον Μητροπολίτη να τους ακολουθήσει είτε στο προξενείο τους είτε στην καθολική εκκλησία της Sacre Coeur (Καρδιά του Ιησού). Εκείνος όμως αρνήθηκε τονίζοντάς τους ότι το καθήκον του υπαγόρευε να παραμείνει με το ποίμνιό του, «ως καλός ποιμένας», όπως χαρακτηριστικά δήλωσε.

Την ίδια μέρα εισήλθε στη Σμύρνη και ο ορκισμένος εχθρός του, ο στρατηγός Νουρεντίν πασάς.

Πρώτη ενέργεια του άλλοτε σφαγέα της Ιωνίας ήταν να εκδώσει προκήρυξη με την οποία καλούσε να παραδοθούν όλοι οι Έλληνες και Αρμένιοι από ηλικίας 18 έως 45 ετών.

Δεύτερη ενέργεια του Νουρεντίν ήταν να ταπεινώσει και να εξοντώσει τον αλύγιστο δεσπότη.

Έτσι, στις 27 Αυγούστου το βράδυ κλήθηκε ο Χρυσόστομος να παρουσιαστεί στον Τούρκο φρούραρχο Νουρεντίν μαζί με δύο δημογέροντες.

Είχε τελειώσει η λειτουργία, όταν ένας υπαστυνόμος τον πληροφόρησε ότι ο φρούραρχος Σαλή Ζεκή βέης τον ζητά στο φρουραρχείο.

Γαλήνιος ο Χρυσόστομος αποχαιρετά το πλήθος, και ανεχώρησε με τον «καβάση» (κλητήρα) του, Θωμά Βούλτσιο.

Από την κατάθεση του τελευταίου αποσπούμε τις πιο έγκυρες πληροφορίες.

Ο φρούραρχος δέχτηκε τον Χρυσόστομο, του προσέφερε βυσσινάδα και του υπαγόρευσε μια διαταγή. Μ’ ένα αυτοκίνητο που τους παρεχώρησαν Αμερικανοί αξιωματικοί επέστρεψαν στη Μητρόπολη.

Ο Μητροπολίτης αντέγραψε και κοινοποίησε στο λαό τη διαταγή του φρουράρχου: να παραδοθούν τα όπλα και όλοι να μείνουν στα σπίτια τους. Στις οκτώ το βράδυ ήλθε ο ίδιος αστυνόμος με δύο οπλισμένους στρατιώτες.

Για τα παρακάτω αφήνουμε να μιλήσει ο Θωμάς Βούλτσιος που έμεινε επί μία 20ετία κοντά στον Χρυσόστομο:
…Ήλθαν να πάρουν το δεσπότη πως τον ζητά ο νομάρχης, δεν είπαν το όνομα, να πάη στο διοικητήριο με τρείς δημογέροντες. Επήραμε τον Τσουρουκτζόγλου και τον Κλιμάνογλου και εμπήκαν οι τρείς και οι αστυνομικοί στο αυτοκίνητο, για μένα δεν είχε θέσι και μούπε ο δεσπότης να περιμένω στη μητρόπολη.

Στας δέκα το βράδυ ένας από τους στρατιώτες, που ήλθαν το απόγευμα, έφερε μία κάρτα του δεσπότη για τον αδελφό του Ευγένιο. Του έγραφε:

«Αγαπητέ αδελφέ, Μας εκράτησαν απόψε εμέ ως πρόεδρον της Μικρασιατικής αμύνης, τους άλλους ως μέλη. Μην ανησυχήτε».

Ο Ευγένιος άρχισε να κλαίη. Το άλλο πρωί, Κυριακή, στας 8 με στέλλει να μάθω για το δεσπότη.

Ευρήκα το Ζαδέ της τραπέζης. Πριν μισή ώρα συνάντησε τον υπαστυνόμο που είχε πάει τό δεσπότη. Αυτός του είπε πως το δεσπότη τον χάλασαν, καθώς και τους δύο δημογέροντες.

Έτσι έγιναν. Ως την Τετάρτη που έφυγα δεν μπόρεσα να μάθω τίποτα άλλο.

Μόλις τον είδε ο Νουρεντίν, του είπε:
Εσύ είσαι ο παπάς που βρίζεις τους Τούρκους; Γουρούνι, θα δεις τι τιμωρία σου ετοιμάζω. Εσύ κι οι Έλληνές σου είστε λαός χαμάληδων και χαμάληδες θα σε δικάσουν.

Σύμφωνα με τον συγγραφέα Μιχ. Ροδά, ο Νουρεντίν, μόλις μπήκε στο γραφείο του ο Χρυσόστομος, έβγαλε έναν ογκώδη φάκελλο που έγραφε «Φάκελος Χρυσοστόμου».

Τον άνοιξε κι έδειξε όλα τα αποκόμματα έφημερίδων που περιείχαν λόγους του Χρυσοστόμου και τον ερώτησε:
-Είναι δικοί σου οι λόγοι αυτοί;
-Ναι, απάντησε ο Δεσπότης, με αξιοπρέπεια άνθρώπου, που εγνώριζε τι εσήμαιναν τα ερωτήματα του Τούρκου στρατηγού.

Ακολούθως ο Ροδάς γράφει ότι ο Νουρεντίν «διέταξε να τον πάρουν και να τον προσφέρουν στον λαό, για να κορέση την εκδίκησί του».

Έτσι κι έγινε.

Σε φυλλάδιο που τύπωσε το 1925 (τρία χρόνια μετά την καταστροφή) ο πολεμικός ανταποκριτής Κώστας Μισαηλίδης και το οποίο αναφέρεται στις τελευταίες ημέρες της Σμύρνης, δίνει για το μαρτύριο του Χρυσοστόμου συγκλονιστικές πληροφορίες. Γράφει:

«Λίγο πριν το μεσημέρι της Κυριακής, έβγαλαν το Μητροπολίτη από το φρουραρχείο.
- Να οι δικαστές σου και οι τζελάτηδές σου (δήμιοι), του είπεν ο φρούραρχος συνταγματάρχης Σαλήχ Ζακήμ Εφέντης.
Και τον παρέδωσε στον μαινόμενον όχλο (1500 Τούρκοι) που αποβραδύς ξημερώθηκε εκεί -βαλμένος, από τον Νουρεδίν- να τον προσμένη».

Ο Νουρεντίν απευθύνθηκε στο πλήθος, λέγοντάς τους:
Αν καλό σας έκανε τούτος να του το ανταποδώσετε. Αν κακό σας έκανε, κάντε του και εσείς κακό! Εγώ σας παραδίδω τον χιρσίζ ντομούζ (κλεφτογούρουνο)

Σε μια από τις αίθουσες του δικαστηρίου, είχαν συγκεντρωθεί άνθρωποι του υποκόσμου, χαμάληδες και τουρκικά κακοποιά στοιχεία προκειμένου να τον δικάσουν.

Μόλις εμφανίστηκε αγέρωχος ο Ιεράρχης, αυτοί άρχισαν να τον προπηλακίζουν, να του τραβούν τα γένια και τα ράσα και να τον φτύνουν.

Ενστικτωδώς οι Σμυρνιοί δημογέροντες προσπάθησαν να προστατεύσουν τον Ιεράρχη τους, αλλά οι Τούρκοι τους έδεσαν προκειμένου να δουν το μαρτύριο και τον εξευτελισμό του θρησκευτικού τους ηγέτη.

Το λαϊκό δικαστήριο των εγκληματιών έβγαλε την απόφαση που ήταν: «Να σταυρωθεί… Να σταυρωθεί όπως ο Χριστός τους».

Ο Νουρεντίν διέταξε τον έφεδρο Λοχαγό του τουρκικού στρατού Ρουστέν Μπέη Βάσιτς να εκτελέσει την απόφαση του λαϊκού δικαστηρίου.

Ο Βάσιτς κατεβαίνοντας τα σκαλιά του Διοικητηρίου μαζί με τους τρεις μελλοθανάτους, τον Χρυσόστομο και τους δημογέροντες, δεν προλαβαίνει να βγει στο προαύλιο γιατί ξεπροβάλλει φρενιασμένος ο Νουρεντίν στο κεφαλόσκαλο και τραβώντας το περίστροφό του πυροβολεί τον Χρυσόστομο.

Ήταν τέτοια η λύσσα του που το χέρι του έτρεμε από την οργή και αντί να πλήξει τον Χρυσόστομο τραυμάτισε θανάσιμα τον δημογέροντα Κλιμάνογλου.

Με τον πυροβολισμό και την έξοδο του Χρυσοστόμου στο προαύλιο το πλήθος ορμά.

Ο Τουρκικός όχλος, τελώντας σε έξαλλη κατάσταση, παρέλαβε τον Χρυσόστομο.

Επιτέθηκε εναντίον του κτυπώντας τον με γροθιές, λοστούς και ξύλα και τον οδήγησαν σε ένα κουρείο, όπου τον ανάγκασαν να φορέσει μια λευκή μπλούζα.

Στην συνέχεια, του ξερίζωσαν τη γενειάδα και τον έσυραν στην τουρκική συνοικία, προπηλακίζοντας και πτύνοντάς τον. Εκεί του επεφύλαξαν έναν αργό και βασανιστικό θάνατο: τον μαχαίρωσαν σε πολλά σημεία του σώματος του, εξόρυξαν τους οφθαλμούς του και του έκοψαν τα αυτιά και την μύτη.

Ο Χρυσόστομος αιμόφυρτος, σιωπηρός, περήφανος, χωρίς να ικετεύει και να λυγίζει στον εχθρό, σέρνεται από το πλήθος και αφού σε όλη τη διάρκεια των μαρτυρίων του έλεγε «Κύριε, ελέησόν με», αφήνει την τελευταία του πνοή αναφωνώντας: «Θεέ μου!».

Ο Βάσιτς έπρεπε όμως να εκτελέσει την διαταγή που πήρε. Έτσι λοιπόν κρέμασε το άψυχο σώμα, ένα κουφάρι κυριολεκτικά από καταξεσκισμένες σάρκες, στην περιοχή του Τρικιλίκ, κοντά στον σιδηροδρομικό σταθμό της Σμύρνης.

Τραγικό υπήρξε και το τέλος των δυο δημογερόντων που τον συνόδευαν. Ο Γεώργιος Κλιμάνογλου απαγχονίσθηκε. Τον Νικόλαο Τσουρούκτσογλου, αφού τον έδεσαν από τα πόδια σε ένα αυτοκίνητο, τον περιέφεραν στο κέντρο της Σμύρνης, ενώ το κεφάλι του συρόταν στα λιθόστρωτα καλντερίμια.

Στο μαρτύριο του μητροπολίτη παρευρέθηκαν και οι 20 Γάλλοι ναύτες, την αντίδραση των οποίων περιέγραψε ο Γάλλος συγγραφέας Ρενέ Πουώ:
Η γαλλική περίπολος παρακολουθούσε… Οι Γάλλοι ναύτες «είχαν βγει από τα ρούχα τους». Χωρίς υπερβολή, έτρεμαν από αγανάκτηση και αποφάσισαν να επέμβουν. Ο επικεφαλής αξιωματικός τους, όμως, ακολουθώντας τις διαταγές που είχε, με το περίστροφο στο χέρι, τους εμπόδισε να κάνουν οποιαδήποτε κίνηση…. Δεν ξαναείδαμε τον Χρυσόστομο, που τον αποτελείωσαν σε μικρή απόσταση.

Σύμφωνα πάλι και με τον Κώστα Μισαηλίδη:
…..Κι αρχινά το μαρτύριο.
Ο δρόμος απ’ την Πλατεία του Διοικητηρίου ως την πλατεία του Ικί Τσεσμέ -
Τούρκικη συνοικία της Σμύρνης- αγρίεψε από το μαρτύριο του καινούργιου αυτού Εθνομάρτυρα.
Του έβγαλαν με ξιφολόγχη τα μάτια, του έκοψαν τ’ αυτιά και τη γλώσσα.

Τον έσυραν από τα γένεια και τα μαλλιά. Γύρω απ’ το σώμα του έστησεν η απάνθρωπη, η αφάνταστα βάρβαρη τουρκική μανία τον πιο φρικτό χορό.

Δεν άφησαν τίποτε το σκληρό και το εξευτελιστικό που να μην το κάμουν στο αφανισμένο και μισοσκοτωμένο κορμί του Χρυσοστόμου.
Κι εσύρθηκεν έτσι, ως τους Ικί-Τσεσμέ, ο γέρων Μητροπολίτης Σμύρνης, κατακομματιασμένος.

Από το κορμί του, εκεί, το μεθυσμένο από κτηνωδία πλήθος πήρε ένα κομμάτι της σάρκας του Χρυσοστόμου για φυλακτό ματωμένο.

Το κεφάλι του με βγαλμένα τα μάτια, κομμένα τ’ αυτιά και τη γλώσσα, με τα γένεια ξεριζωμένα και μαύρο από το ξύλο, αιματοστάλαχτο το έμπηξαν στην πατερίτσα του και η πομπή μαινόμενη από βλαστήμιες και σαρκασμό, το περιέφερε στους Τουρκομαχαλάδες.

Την ίδια ώρα ο Τσουρουκτσόγλου και ο Κλιμάνογλου μαρτυρούσαν, δεμένοι από τα πόδια, πίσω από ένα αυτοκίνητο που ακολουθούσε τον όχλο που τυραννούσε τον Μητροπολίτη.

Ο Ρενέ Πουό γράφει χαρακτηριστικά για το μαρτύριο του Χρυσόστομου:

Τον έσυραν από το Διοικητήριον έως την τουρκικήν αγοράν και στις συνοικίες των δύο Τσεσμέδων κι από εκεί τον έφεραν αιμόφυρτο στη πλατεία Τρικιρλίκ. ΤΑ ΡΑΣΑ ΤΟΥ ΣΧΙΣΜΕΝΑ, ΤΑ ΓΕΝΙΑ ΞΕΡΙΖΩΜΕΝΑ, ΤΑ ΜΑΤΙΑ ΒΓΑΛΜΕΝΑ. Η ΔΕΣΠΟΤΙΚΗ ΡΑΒΔΟΣ ΤΟΥ, ΛΑΦΥΡΟ ΤΟΥ ΟΧΛΟΥ. ΟΤΙ ΑΠΕΜΕΙΝΕ ΑΠΟ ΤΟ ΣΩΜΑ ΤΟΥ ΤΟ ΚΡΕΜΑΣΑΝ ΣΤΗΝ ΠΛΑΤΕΙΑ.

Σύμφωνα και με τον Αμερικανό πρόξενο στη Σμύρνη, Τζώρτζ Χόρτον («Η Μάστιγα της Ασίας», σ. 93-94):
Όπως λέγουν, (ο Νουρεντίν) είχε υιοθετήσει τη μεσαιωνική ιδέα να παραδώση τον Μητροπολίτη στον φανατικό όχλο, για να τον κάνει ό,τι ήθελε.

Δεν υπάρχουν επαρκείς αποδείξεις της ορθότητος αυτής της διαπιστώσεως, είναι όμως βέβαιο, ότι ο Μητροπολίτης θανατώθηκε απ’ τον όχλο. Εβιαιοπράγησαν επάνω του, του ξερρίζωσαντην γενειάδα του, τον εχτύπησαν με ρόπαλα και με μαχαιριές, ωσότου πέθανε, και ύστερα τον έσυραν σβαρνίζοντάς τον επάνω στους δρόμους.

Το μοναδικό του φταίξιμο ήταν ότι ήταν ένας Έλλην με μεγάλο πατριωτισμό και ευγλωττία που επιθυμούσε την πρόοδο της φυλής του και εργαζόταν για το σκοπό αυτό.
Σε άλλο σημείο, αναφέρει χαρακτηριστικά:

Οι σφαγές του ελληνικού πληθυσμού από τους Τούρκους με έκαναν να λέω ότι ντρέπομαι που ανήκω στην ανθρώπινη φυλή.

Και όλα αυτά υπό την ανοχή και την αδιοφορία των ξένων δυνάμεων, που παρακολουθούσαν αμέτοχοι της σφαγή. Μαζί με αυτόν, βρήκε εξίσου τραγικό θάνατο μεγάλος αριθμός επωνύμων Ελλήνων της Σμύρνης, εκπροσώπων της ελληνικής κοινότητας, δασκάλων, κληρικών και δημογερόντων, οι οποίοι αρνήθηκαν τη φυγή και έπεσαν μαζί με τον ανυπεράσπιστο άμαχο πληθυσμό.

Μαζί με τον Χρυσόστομο, εξοντώθηκαν απ’ τους Τούρκους, τριακόσιοι σαράντα εφτά (347) ιερείς της επαρχίας Σμύρνης επί συνόλου 459, όπως ο μητροπολίτης Μοσχονησίων Αμβρόσιος που επεταλώθη, ο Κυδωνιών Γρηγόριος που θάφτηκε ζωντανός και ο Ικονίου Ζήλων που εσφάγη. Από τις 46 Εκκλησίες της Σμύρνης διασώθηκαν μόλις 3.

Κανείς δεν κατόρθωσε να πληροφορηθεί τι απέγινε -ότι απέμεινε από το κατακρεουργημένο σώμα του Χρυσοστόμου. Φημολογείται, ωστόσο ότι κατέστη δυνατό να ενταφιαστεί στο γήπεδο του Απόλλωνα, ενώ σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή, ετάφη δίπλα σε ένα ποτάμι.

Το 1992, η Διαρκής Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδας ανακήρυξε τον Χρυσόστομο Αγιο, ύστερα από πρωτοβουλίες που αναλήφθησαν από την «Ενωση Σμυρναίων» της Αθήνας. Η μνήμη του εορτάζεται και τιμάται από την Ορθοδοξία στις 27 Αυγούστου.