Γεννήθηκε στις 10 Φεβρουαρίου 1935 στο χωριό Βελωτά της Ευρυτανίας. Ήταν ο μεγαλύτερος γιος του παπα - Κώστα και της Ειρήνης Μπακογιάννη. Γυμνάσιο πήγε στο Θέρμο Τριχωνίδας, για ένα χρόνο στο Καρπενήσι (1950) και το τελείωσε στην Πάτρα στο Β' Γυμνάσιο Πατρών. Σπούδασε Πολιτικές και Κοινωνικές Επιστήμες στο Πάντειο Πανεπιστήμιο. Συνέχισε τις σπουδές του στη Γερμανία, παίρνοντας πτυχίο Πολιτικής Οικονομίας και Πολιτικών Επιστημών των Πανεπιστημίων Μονάχου, Τύμπιγκεν και Κωστάντσας (Konstanz), στο Πανεπιστήμιο της οποίας ανακηρύχθηκε κατόπιν Διδάκτωρ των Κοινωνικών Επιστημών. Δίδαξε Πολιτικές Επιστήμες και Δημοσιογραφία στο Πανεπιστήμιο του Μονάχου, ενώ από τα μέσα της δεκαετίας του ΄60 και για 10 περίπου χρόνια διηύθυνε το ελληνόφωνο πρόγραμμα της ραδιοφωνίας της Βαυαρίας.
Ήταν διευθυντής του ελληνικού προγράμματος της Βαυαρικής Ραδιοφωνίας, όταν έγινε το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου 1967. Από τη θέση αυτή αντιτάχθηκε στο δικτατορικό καθεστώς και έκανε εκπομπές με σχόλια και ειδήσεις που αναμεταδίδονταν και από την «Ντόυτσε Βέλλε» και πολύ γρήγορα έγιναν σημείο αναφοράς του αντιδικτατορικού αγώνα.
Στο Μόναχο γνώρισε τη Ντόρα Μητσοτάκη, κόρη του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη, η οποία σπούδαζε στο Πανεπιστήμιο της ίδιας πόλης και την οποία και παντρεύτηκε το 1974. Μαζί της απέκτησε δύο παιδιά, την Αλεξία και τον Κώστα.
Με την αποκατάσταση της Δημοκρατίας (1974) επέστρεψε στην Ελλάδα. Εργάσθηκε στην εφημερίδα «ΤΟ ΒΗΜΑ» και το 1982 ανέλαβε εκδότης - διευθυντής του εβδομαδιαίου περιοδικού «ΕΝΑ» ως το Φεβρουάριο του 1985. Από το Νοέμβριο του 1985 μέχρι το Σεπτέμβριο του 1989 διετέλεσε πολιτικός σύμβουλος του Προέδρου της Ν.Δ. Κώστα Μητσοτάκη. Τον Ιούνιο του 1989 εκλέχθηκε βουλευτής της μονοεδρικής περιφέρειας Ευρυτανίας. Ακολούθησε η Κυβέρνηση Τζαννετάκη, στο σχηματισμό της οποίας έλαβε ενεργό ρόλο, ως διαπραγματευτής μεταξύ του κόμματός του και του Συνασπισμού.
Ασχολήθηκε ιδιαίτερα με την ανάπτυξη της ιδιαίτερης πατρίδας του, της Ευρυτανίας. Το πρώτο του μάλιστα βιβλίο είχε τίτλο: "Η Ευρυτανία και οι οικονομικές της δυνατότητες" (Αθήνα, 1960). Κατήρτησε ολοκληρωμένο σχέδιο ανάπτυξης της περιοχής, το οποίο υπέβαλε στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Ως πολιτικός θεωρούνταν ήπιος και συναινετικός. Θεωρούσε επιβεβλημένη την υπέρβαση των διαχωριστικών γραμμών, την επούλωση των πληγών του Εμφυλίου και του Διχασμού και την Εθνική Συμφιλίωση. Στα πλαίσια αυτής του της πεποίθησης εργάστηκε για την επιτυχία του πρωτοποριακού, για την εποχή, εγχειρήματος συγκυβέρνησης Αριστεράς και Δεξιάς. Για τους ίδιους λόγους ήταν εισηγητής, εκ μέρους της Ν.Δ., του νομοσχεδίου για την απάλειψη των συνεπειών του εμφυλίου πολέμου που υπερψηφίστηκε και έγινε Νόμος το καλοκαίρι του 1989.
Η τρομοκρατική οργάνωση «17 Νοέμβρη» δολοφόνησε τον Παύλο Μπακογιάννη το πρωί της 26ης Σεπτεμβρίου 1989 στην είσοδο της πολυκατοικίας της οδού Ομήρου στην Αθήνα, όπου στεγαζόταν το γραφείο του.
Η δολοφονία του συγκλόνισε την πολιτική επικαιρότητα εκείνων των ημερών, η οποία μονοπωλούνταν από έναρξη της διαδικασίας για την παραπομπή των πολιτικών του σκανδάλου Κοσκωτά. Την ημέρα που δολοφονήθηκε συνέπεσε να εγκριθεί από την Ευρωπαϊκή Ένωση η χρηματοδότηση του προγράμματος για την Ευρυτανία, που ο ίδιος είχε καταρτίσει.
Στο Καρπενήσι οι αρχές της πόλης τον τίμησαν δημιουργώντας το ομώνυμο πάρκο, όπου έχει στηθεί ο ανδριάντας του και δίνοντας το όνομά του σε κεντρικό δρόμο της πόλης.
