Γεννήθηκε το 1938 στη Νέα Σμύρνη. Ο πατέρας του Νίκος προερχόταν από οικογένεια εγκατεστημένη εδώ και πολλούς αιώνες στην Αθήνα («γκάγκαρος Αθηναίος») ενώ η μητέρα του Αγγελική καταγόταν από την Κωνσταντινούπολη. Ξεκίνησε την δημοσιογραφική του σταδιοδρομία το 1956, σε ηλικία 18 ετών, στην εφημερίδα «Ακρόπολις», όπου αρχικά κάλυπτε το δικαστικό ρεπορτάζ, ενώ στην συνέχεια έκανε ελεύθερο ρεπορτάζ. Έμεινε εκεί μέχρι τη μεταπολίτευση του 1974, οπότε μεταπήδησε στα «Νέα», ως υπεύθυνος πλέον για το πολιτικό ρεπορτάζ. Ταυτόχρονα (1975-78), υπήρξε αρχισυντάκτης του περιοδικού «Αντί».
Το 1979, και ενώ εργαζόταν ως πολιτικός συντάκτης στα «Νέα» (έμεινε έως το 1986), ξεκίνησε παράλληλα και την έκδοση του «Ποντικιού», μιας εβδομαδιαίας «πολιτικής - αποκαλυπτικής - σατιρικής εφημερίδας» (κατά την αυτοπαρουσίασή της), η οποία πολύ γρήγορα προκάλεσε αίσθηση με τα ευρηματικά πρωτοσέλιδά της (συνήθως κάποια γελοιογραφία σε μορφή κολλάζ) αλλά και την εξαιρετική «εσωτερική πληροφόρηση» που διέθετε, ειδικά μετά την άνοδο στην εξουσία του Ανδρέα Παπανδρέου το 1981.
Τον Ιούνιο του 2005 ο Παπαϊωάννου συνταξιοδοτήθηκε.
Ήταν παντρεμένος και είχε μια κόρη και δύο εγγόνια.
Μετά τη συνταξιοδότησή του, κατοικούσε στην Αίγινα.
Βιβλία του Κώστα Παπαϊωάννου
Η ιστορία της Κυρίας ΟΥ (Καστανιώτης, 1983)
Ο δράκος του Σέιχ-Σου: υπόθεση Παγκρατίδη (Το Ποντίκι, 1988)
Δέκα μικροί και μεγάλοι νέγροι (Το Ποντίκι, 1989)
Ιστορία μιας νύχτας ατέλειωτης (Το Ποντίκι, 1991)
Αστυνομική ιστορία (Το Ποντίκι, 1992)
Πολιτική δολοφονία, Θεσσαλονίκη ’48: Υπόθεση Τζωρτζ Πολκ (Το Ποντίκι, 1993)
Πολιτική δολοφονία, Θεσσαλονίκη ’63: Υπόθεση Γρηγόρη Λαμπράκη (Το Ποντίκι, 1993)
15 Ιουλίου 1965: «Επιχείρηση ΑποσταΣΙΑ» (Το Ποντίκι, 1995)
Αρχίστε από δω τον Γ΄ Παγκόσμιο Πόλεμο!… (Το Ποντίκι, 1995)
Η Ελλάδα ποτέ δεν πεθαίνει: μια πολιτική ανασκο(λο)πηση της Ιστορίας, 1944-2007 (Καστανιώτης, 2008)
